Träger des Klinikums St. Marien Amberg ist die Stadt Amberg. Es wird seit 2004 als Kommunalunternehmen, Anstalt des öffentlichen Rechts der Stadt Amberg, geführt. Es ist akademisches Lehrkrankenhaus der Universität Erlangen-Nürnberg und der Universität Regensburg. Es ist im Krankenhausplan des Freistaates Bayern als Krankenhaus (Versorgungsstufe II) mit 574 Betten geführt in 13 Fachabteilungen (Kliniken für Innere Medizin I und II, Allgemein-, Visceral-, Thorax-und Gefäßchirurgie, Unfallchirurgie und Orthopädie, Neurochirurgie, Gynäkologie und Geburtshilfe, Pädiatrie, Urologie, Neurologie, Anästhesiologie und operative Intensivmedizin, Strahlentherapie, Institut für diagnostische und interventionelle Radiologie). Es gibt zusätzlich vier Belegabteilungen (Augen, HNO, MKG, Orthopädie) mit 11 Belegärzten sowie eine angegliederte Gemeinschaftspraxis für Pathologie. Den einzelnen Kliniken, Abteilungen und Instituten stehen 12 Chefärzte und  und 1 Leitender Abteilungsarzt vor.

Insgesamt betreuen rund 1450 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter jährlich ca. 24.500 Patienten stationär. Alle Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Hauses sind dabei bestrebt, Ihr Bestes zu geben.

Die Abwicklung der laufenden Geschäfte des Klinikums obliegt dem Vorstand.

Die Leitungskonferenz setzt sich zusammen aus: dem Vorstand, dem Ärztlichen Direktor, der Pflegedirektorin und dem Verwaltungsdirektor.